SMP IT Madani Islamic School, tidak hanya mengutamakan ilmu pengetahuan. Namun, juga mengedepankan kegiatan ekstrakurikuler untuk mengembangkan minat bakat peserta didiknya. Kegiatan ekstrakurikuler juga meningkatkan karakter peseta didik, karena dalam kegiatan ekstakurikuler mengajarkan peserta didik untuk bersikap berani, tanggung jawab, mengajarkan kerjasama tim, belajar manajemen waktu, dan menjadikan peserta didik untuk aktif.
Ekstrakurikuler merupakan kegiatan tambahan yang dilakukan di luar jam pelajaran baik di sekolah maupun di luar sekolah dengan tujuan untuk mendapatkan tambahan pengetahuan, keterampilan dan wawasan serta membantu membentuk karakter peserta didik sesuai dengan minat dan bakat masing-masing.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 060/U/1993 dan Nomor 080/U/1993, kegiatan ekstrakurikuler adalah kegiatan yang diselenggarakan di luar jam pelajaran yang tercantum dalam susunan program sesuai dengan keadaan dan kebutuhan sekolah, dan dirancang secara khusus agar sesuai dengan faktor minat dan bakat siswa.
Pelaksanaan kegiatan ekstrakurikuler yang ditetapkan oleh SMP IT Madani Islamic School sesuai dengan hukum dan ajaran Islam, yaitu kegiatan dilakukan secara terpisah antara ikhwan dan akhwat.
SMP IT Madani Islamic School menetapkan dua jenis ekstrakurikuler, yaitu ekstrakurikuler wajib dan ekstrakurikuler pilihan. Ekstrakurikuler wajib, merupakan program ekstrakurikuler yang harus diikuti oleh seluruh peserta didik, terkecuali bagi peserta didik dengan kondisi tertentu yang tidak memungkinkannya untuk mengikuti kegiatan ekstrakurikuler tersebut. Ekstrakurikuler pilihan, merupakan program pilihan ekstrakurikuler yang dapat diikuti oleh peserta didik sesuai dengan minat bakat dan minatnya masing-masing. Ekstrakurikuler pilihan juga merupakan wadah bagi peserta didik berlatih untuk mengikuti berbagai macam olimpiade mata pelajaran.
Ekstrakurikuler wajib yang ditetapkan adalah pramuka, renang dan tahfidz. Sedangkan ekstrakurikuler pilihan adalah English Club, Klub Matematika, IT, IPS Clup, Klub Bahasa Indonesia, IPA Club, memanah, berkuda, dan silat tapak suci.
1. Pramuka
Ekstrakurikuler pramuka bertujuan agar peserta didik belajar menjadi seorang pemimpin di hadapan teman-teman dan guru-gurunya. Peserta didik juga disibukkan dengan perkemahan, baris berbaris, gotong royong mendirikan tenda, pentas seni api unggun, uji nyali, dan ketangkasan. Kegiatan ini, dilaksanakan agar siswa dilatih untuk memiliki sikap disiplin, kemampuan kerja sama, mandiri, serta bertanggung jawab.
2. Renang
Ekstrakurikuler renang. Selain sehat renang juga dianjurkan oleh Rasulullah. Tujuan diadakannya ekstrakurikuler renang adalah untuk menguatkan fisik peserta didik.
3. Tahfidz
Ekstrakurikuler tahfidz. Tahfidz tidak hanya dijadikan mata pelajaran wajib di SMP IT Madai Islamic School, namun juga menjadi salah satu ekstrakurikuler wajib. Ekstrakurikuler tahfidz bertujuan untuk peserta didik belajar kaidah ilmu tajwid, ghorib, dan makhorijul khuruf.