Banyak cara sekolah untuk menonjolkan identitas sekolahnya agar bisa unggul. Salah satunya dengan cara menetapkan program unggulan. Program unggulan dapat dirancang sedemikian rupa dengan proses yang lama namun dapat juga terjadi tanpa kesengajaan. Sekolah sebagai suatu komunitas harus memiliki tujuan agar mampu mengangkat sesuatu hal yang bisa dijadikan sebagai program unggulan. Manfaat dari sekolah memiliki program unggulan adalah:

• Mudah bagi orang tua peserta didik mengingat apa keunggulan dari sebuah sekolah, dan berguna sekali dalam pemasaran.
• Guru dan peserta didik merasa punya kebanggan terhadap sekolah.
• Peserta didik merasa bangga bersekolah di tempat yang punya keunggulan.

Berbagai program unggulan telah disiapkan dan disusun untuk kegiatan pembelajaran. Program-program tersebut diharapkan dapat mengembangkan kemampuan siswa, baik di bidang akademik, non akademik, sosial, maupun keagamaan. Berikut merupakan program unggulan yang ditawari oleh SMPIT Madani Islamic School Payakumbuh.