Berdirinya SMP IT Madani Islamic School berawal dari ketika anak didik pada jenjang pendidikan SD menamatkan sekolah dari SD IT Madani Islamic School, dan melanjutkan pendidikannya ke sekolah lain, namun banyak dari anak-anak tersebut akhirnya memiliki perilaku yang menyimpang, karakternya menurun, maka karena itu yayagan garis pena melanjutkan pendidikan menjadi 9 tahun agar anak-anak tamatan dari SD IT Madani Islamic School tidak kehilangan masa pencarian jati dirinya  untuk melanjutkan pembentukan karakter.

SMP IT Madani Islamic School merupakan sekolah Islam berbasis teknologi. SMP IT Madani Islamic School didirikan oleh Yayasa Garis Pena  pada tahun 2013, menghadirkan nuansa baru dalam catatan pendidikan di Payakumbuh. Sudah banyak prestasi yang diraih, sehingga SMP IT Madani Islamic School termasuk sekolah Islam favorit di Payakumbuh.  Dengan menambah jenjang pendidikan SMP tentunya Yayasan Garis Pena ingin meningkatkan kualitas pendidikan anak-anak bangsa indonesia. Awal mula berdiri SMP IT Madani Islamic School berada di Padang datar dengan menyewa ruko sebagai tempat proses belajar mengajar. Namun pada tahun 2018 SMP IT Madani Islamic School berpindah ke koto tangah, jalan raflesia dengan bangunan yang lebih luas dan fasilitas yang lebih lengkap.  

Yayasan Garis Pena pun mencoba dengan segala kemampuan, didorong oleh keinginan terwujudnya sebuah sekolah menengah yang menerapkan nilai-nilai Islam. Target SMP IT Madani Islami School yaitu melahirkan generasi muda Islam penerus bangsa yang berilmu, cerdas, kreatif, berakhlak Al-Karimah. Membentuk peserta didik yang unggul dalam prestasi, agamis, berbudi pekerti luhur, disiplin, berapresiasi yang tinggi,  dan berkarakter Qur’ani berbasis fitrah genetik.

Meningkatkan animo masyarakat terhadap pondok pesantren yang menerapkan konsep (Mondok) boarding school menjadikan kebutuhan para santri ikhwan dan akhwat dapat segera terpenuhi karena pengawasan secara maksimal dan bisa belajar lebih disiplin serta belajar bermasyarakat. Adapun program unggulannya adalah, target hafal juz 30, membaca Al-Quran dengan baik dan benar, bisa menjadi Imam Sholat, Memimpin tahlil maupun kegiatan keagamaan lainnya, dididik untuk berakhlaq yang mulia.

Boarding School adalah sistem sekolah berasrama, dimana peserta didik dan juga para guru dan pengelola sekolah tinggal di asrama yang berada dalam lingkungan sekolah dalam kurun waktu tertentu, biasanya satu semester diselingi dengan berlibur satu bulan sampai menamatkan sekolahnya. Boarding school atau sekolah berasrama. Para murid mengikuti pendidikan reguler dari pagi hingga siang di sekolah kemudian dilanjutkan dengan pendidikan agama atau pendidikan nilai-nilai khusus di malam hari. Selama 24 jam anak didik berada di bawah pendidikan dan pengawasan para guru pembimbing. Boarding school adalah lembaga pendidikan di mana para siswa tidak hanya belajar tetapi juga bertempat tinggal dan hidup menyatu dengan lembaga tersebut. Boarding School mengkombinasikan tempat di rumah, dipindah ke institusi sekolah, di mana di sekolah tersebut disediakan berbagai fasilitas tempat tinggal, ruang tidur, ruang tamu, ruang belajar, tempat olah raga, dan perpustakaan.